Удаление мыщелка с помощью жидкого азота (криодеструкция) основано на его замерзании, которое разрушает белковые структуры кондиломы. Удаление жидкого азота используется для нескольких сливных бородавок, но это не рекомендуется для большой области поражений. Лечение состоит в обработке поверхности мыщелка жидким азотом, в результате чего кондилома исчезает, оставляя под ней небольшую рану. Однако благодаря этому методу появляется возможность неполного удаления и длительного заживления раны. Не рекомендуется для женщин, которые еще не родили ребенка.