Генодиагностика болезни Ниманна-Пика связана с поиском дефектов в генах SMPD1, NPC1, NPC2. Мутации в гене сфингомиелинфосфодиэстеразы 1 (SMPD1) вызывают снижение активности фермента кислой сфингомиелиназы и ассоциированы с развитием типов А и В болезни Ниманна-Пика. Дефекты в генах NPC1 и NPC2 приводят к нарушению внутриклеточного транспорта гликосфинголипидов, их накоплению в лизосомах и эндосомах; они связаны с типом С сфинголипидоза. Скрининг проводится пренатально или после рождения ребенка.